En aquesta segona fase es preveuen els treballs de renovació de la coberta mitjançant el desmuntatge del llosat existent, la col·locació d’una doble capa impermeable-transpirable i la instal·lació de plafons encadellats hidròfugs. Actualment, encara s’estan acabant de dur a terme els treballs de la primera fase, que consisteixen en la intervenció de l’exterior de l’església i la millora del sistema de drenatge perimetral per reduir les humitats a la base dels murs. A més, a l’interior, s’estan repintant les parets amb pintura a la calç i reparant l’esquerda de la volta d’una de les capelles laterals. Finalment, s’està renovant completament la instal·lació elèctrica i actualitzant el sistema de calefacció per radiadors.
Pel que fa als béns mobles de l’església, com el retaule major, els retaules o els altars de les capelles, l’equip de conservació i restauració del departament de Patrimoni Cultural els està restaurant al taller situat a les dependències del Ministeri de Cultura i està previst que retornin al seu emplaçament original un cop finalitzin les obres a l’església.
Aquesta actuació s’emmarca dins del programa de revisió i millora del romànic, recollit en el Pla Estratègic de la Cultura 2030, i respon a la voluntat del Ministeri de Cultura, Joventut i Esports de valorar i conservar els elements que formen part del patrimoni cultural nacional, especialment aquells inclosos en la candidatura transnacional a patrimoni mundial de la UNESCO ‘Els testimonis materials de la construcció de l’Estat dels Pirineus: el Coprincipat d’Andorra’.